初期は池中養殖で、その生産は極めて僅かなものであったが病人の滋養効果が高いことから高値で取り引きされていたようであり、次第に大きく成長していった。
また、年貢のかからなかった養鯉を一層手広く行おうと、池中養殖と併用しながら水田を活用した稲田養殖も始まった。これは、米を作りながら鯉を育てるといった一石二鳥をねらった新技術であった。稲田養殖は佐久の気候風土
にマッチした優れた養殖技術であったが、太平洋戦争後から稲作への農薬使用の増加とともに衰退し、昭和40年頃にはほとんど見られなくなったが、近年になって減農薬栽培の普及、減反政策などにより水田養殖（特にフナ）が復活してきた。明治の時代を迎え、産業全体が活発化するとともに鯉の養殖もその生産量が大きく増加していく。長野県は群馬と並んで、国の主力産業であった製糸業を支える、養蚕の盛んな地域であり、佐久は養鯉飼料として最も優れているサナギが容易に手に入る立地にも恵まれ、鯉の大量生産が可能となった。明治4年に行われた旧長野県（現在の東北信地方）の特産物調査によると、佐久地方の鯉の売上は22.5ｔであった。
また、生産量の増加にともない販売もより広域に拡大していくことになる。明治26年には信越線が全面開通し、販路も東京をはじめ各地へ広がり、佐久の鯉は全国的に知られていった。
佐久鯉の生産量は、昭和14年頃がピークで約940tにのぼっていたとみられる。生産量の増加とともに品質向上への取り組みも行われ、鯉を博覧会、共進会、品評会等へ積極的に出品し、優れた名声を得るところとなり、佐久鯉は品質・生産量ともに日本一の称号を得るところとなった。
佐久鯉に寄せる市民の思いも深く、昭和36年の佐久市制の発足にともない”佐久鯉祭り”が市民挙げての行事として始まり今日に至っている。また、市のシンボルとして花(コスモス）木(落葉松）とともに鯉が市の魚となった。
しかし、鯉の養殖技術の進展により池中養殖からため池養殖や大きな湖沼での網生け簀養殖などによる生産が始まり、産地間の競争が激化し、霞ヶ浦など生産コストが安く格段に大量生産が可能な地域に押されるとともに、水田の基盤整備により養殖池の消失が進み、佐久の養鯉は、減少の一途をたどることとなった。現在、その生産量は平成12年度には117tと大きく減少している。